De Jong speelde het grootste gedeelte van zijn loopbaan voor Ajax, de club die hem al in de jeugdopleiding overnam van De Graafschap. Met Ajax werd hij van 2011 t/m 2014 landskampioen.
In 2014 vertrok hij naar Newcastle United om na twee jaar terug te keren naar Nederland. Na een verhuurperiode bij PSV kwam De Jong weer naar Ajax. Na een avontuur bij FC Sydney keerde De Jong zelfs voor een derde keer terug naar Amsterdam om vervolgens dit jaar in de MLS uit te komen voor FC Cincinatti.
Technisch manager Gerry Hamstra laat op de website van SC Heerenveen weten blij te zijn met de komst van De Jong. "Je kijkt altijd om je heen naar versterkingen voor je selectie. Siem is een absolute buitenkans."